Soul Translator adalah antarmuka penyelaman penuh yang canggih yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna – teknologi yang setara dengan jiwa manusia – dan pada dasarnya berbeda dengan metode ortodoks dalam mengirimkan sinyal ke otak. Lembaga swasta Rath bertujuan untuk menyempurnakan kreasi mereka dengan meminta bantuan Kazuto Kirigaya yang selamat dari Sword Art Online. Dia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di Dunia Bawah: dunia fantasi yang dihasilkan oleh Penerjemah Jiwa. Sesuai kontrak kerahasiaan, semua kenangan yang dibuat oleh mesin di dunia maya akan terhapus saat kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya dapat mengingat satu nama secara samar-samar, Alice, yang menimbulkan rasa tidak nyaman ketika disebutkan di dunia nyata.
Ketika Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang ke rumah pada suatu malam, mereka bertemu dengan musuh yang tidak asing lagi. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika sadar, dia menemukan bahwa dia telah masuk ke Dunia Bawah tanpa bisa melarikan diri. Dia memulai sebuah pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi.
