Catatan Surgawi berbicara tentang keberadaan “Serafim,” ras makhluk ilahi yang memberikan berkat kepada umat manusia dan sebagai imbalannya, mereka didoakan oleh mereka. Mereka yang diurapi dengan kemampuan untuk berinteraksi dengan roh-roh ini dikenal sebagai “Gembala.” Dipuji sebagai pahlawan karena kemunculan mereka yang cepat pada saat krisis, sekaligus ditakuti karena kekuatan mereka, para Gembala tercetak dalam cerita rakyat bersama dengan Seraphim.
Sorey adalah seorang manusia muda yang telah menghabiskan seluruh hidupnya hidup dalam harmoni bersama para Seraphim di desa Elysia. Terpesona oleh mitos-mitos dalam Catatan Langit, dia menjelajahi beberapa reruntuhan di dekatnya bersama Mikleo-kawan masa kecilnya yang merupakan Seraphim-berharap bisa mendapatkan pencerahan mengenai sejarah Seraphim bersama manusia.
Sayangnya, mereka terjebak di kedalaman situs bersejarah tersebut selama penyelidikan. Saat mencari jalan keluar, mereka bertemu dengan seorang gadis misterius yang dengan putus asa mencari bantuan seorang Gembala untuk menyelamatkan dunia yang hampir diliputi kegelapan. Terlepas dari peringatan Mikleo untuk tidak melakukan kontak dengan manusia lain, Sorey memutuskan untuk membantu orang asing tersebut, yang tanpa sadar membawanya lebih dekat ke mimpi hidup berdampingan secara damai antara manusia dan Seraphim.
