Pada tahun 2205, seorang bijak istimewa yang dikenal sebagai Saniwa memiliki kemampuan untuk menghembuskan kehidupan ke dalam benda mati. Pada saat yang sama, kekuatan gelap telah memulai sebuah plot untuk kembali ke masa lalu dan mengubah arah sejarah-dan satu-satunya yang mampu menghentikan mereka adalah Saniwa dan animasi terkuat mereka: pedang Jepang yang bersejarah, dalam bentuk pemuda tampan.
Touken Ranbu: Hanamaru dibuka dengan kehidupan Yamatonokami Yasusada, uchigatana kesayangan Souji Okita, saat ia memulai hari pertamanya di benteng Saniwa. Segera bertemu kembali dengan teman lamanya, Kashuu Kiyomitsu, keduanya terjebak dalam kejenakaan sehari-hari sesama pendekar pedang. Mereka tidak pernah melewatkan kesempatan untuk bersenang-senang, baik melalui pertarungan bola salju yang liar atau memperkenalkan rekan-rekan terbaru mereka ke benteng. Tentu saja, ketika pemerintah memanggil, para pedang selalu siap untuk memenuhi misi mereka melindungi sejarah.
