Lima puluh tahun yang lalu, raksasa cahaya luar angkasa yang dikenal sebagai Ultraman menyelamatkan bumi, namun kemudian lenyap. Inang manusia Ultraman, Shin Hayata, tidak memiliki ingatan apapun tentang masa-masa dia menjadi pahlawan. Anak laki-laki Hayata, Shinjirou, ternyata terlahir dengan tubuh yang lebih kuat dan tahan lama dibandingkan manusia normal lainnya. Organisasi yang membantu Ultraman, SSSP, mengungkapkan masa lalu Hayata kepadanya. Ayahnya kemudian mengenakan kostum kekuatan lagi, dan kembali berperan sebagai Ultraman.
Suatu malam, Shinjirou diserang oleh alien bernama Bemular dan diselamatkan oleh ayahnya, yang terluka parah dalam pertempuran. Dengan alien berbahaya yang mengintai di kota dan Hayata yang tidak bertugas, maka tugas Shinjirou adalah mengambil alih obor tersebut. Namun, dalam bekerja dengan SSSP sebagai Ultraman baru, Shinjirou mendapati dirinya bertanya-tanya sejauh mana dia bersedia membantu orang lain.
