Terletak di Pulau Biru, Mesin Manifestasi telah menjadi jawaban atas masalah energi dunia selama lima tahun. Di pulau tetangga, Izu Ooshima, tinggal Akane Isshiki yang ceria, adik perempuannya yang dapat diandalkan, Momo, dan kakeknya, Kenjirou, salah satu penemu Mesin Manifestasi.
Saat mereka hidup dengan damai bersama ciptaan yang kuat, semuanya tampak seperti mimpi sampai entitas misterius yang dikenal sebagai “Alone” muncul untuk menghancurkannya. Dengan pasukan militer yang gagal mengusir penjajah, Kenjirou memberi Akane kunci khusus yang berisi “Vivid System” -memberdayakannya untuk melawan Alone.
Bergabung dengan Aoi Futaba, Wakaba Saegusa, dan Himawari Shinomiya, Akane dan teman-temannya bersatu dalam pertempuran melawan musuh yang tak terduga sebagai harapan terakhir bagi umat manusia.