Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan sekolah ini menduduki peringkat tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya kurang ideal. Empat kelas, A sampai D, diurutkan berdasarkan prestasi, dan hanya kelas-kelas terbaik yang mendapat perlakuan istimewa.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, di mana sekolah membuang murid-murid terburuknya. Di sana ia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya bahwa ia ditempatkan di Kelas D secara tidak sengaja dan ingin naik ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah, Kikyou Kushida, yang memiliki tujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin.
Meskipun keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak; siswa di kelas dengan peringkat yang lebih rendah dapat naik peringkat jika mereka mendapatkan nilai yang lebih baik daripada siswa di kelas teratas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan tentang metode apa yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah yang kejam ini, dapatkah mereka menang melawan rintangan dan mencapai puncak?
