Saat berkuda bersama Jack Atlas dan Crow Hogan, Naga Stardust milik Yuusei Fudou ditangkap oleh Paradox, seorang Turbo Duelist misterius dari masa depan, dalam sebuah Turbo Duel dan berubah menjadi Monster Dosa. Dengan bantuan Naga Merah, Yuusei mengejar Paradox saat ia memasuki lorong waktu, dan berakhir di masa lalu. Selama masa ini, Paradox berduel melawan Jaden Yuki, yang masih dapat menggunakan kekuatan Yubel dan The Supreme King. Namun, pada saat itu Paradox juga telah menangkap Cyber End Dragon dan Rainbow Dragon dan membuat Jaden kewalahan. Dia diselamatkan berkat Yuusei dan Naga Merah. Jaden memberi tahu Yuusei tentang niat Paradox yang sebenarnya. Dengan mencuri berbagai monster dari masa lalu dan mengubahnya menjadi gelap, ia berencana untuk membunuh Maximillion Pegasus, pencipta Duel Monsters, mencegah game tersebut dibuat dan menyebabkan kejadian di ketiga seri tersebut tidak pernah terjadi.
Yuusei dan Jaden setuju untuk mengejar Paradox, yang membawa mereka ke masa lalu dan menyebabkan pertemuan dengan Raja Game, Yuugi Mutou. Namun, pada saat Yuusei dan Jaden tiba, Paradox telah menyerang waktunya, diduga telah membunuh Pegasus dan kakek Yuugi, dan juga telah berhasil mencuri Naga Putih Bermata Biru dan Naga Hitam Bermata Merah. Setelah menjelaskan semuanya kepada Yuugi, dia setuju untuk bertarung dengan Yuusei dan Jaden melawan Paradox dalam duel tiga lawan satu untuk membebaskan monster yang terperangkap dan menyelamatkan dunia dan waktu itu sendiri sebelum terlambat.
