Dunia Yozakura Quartet sebenarnya bukan satu, melainkan dua dunia: dunia manusia dan dunia youkai. Meskipun tampak seperti manusia, youkai dapat memiliki ciri fisik yang mirip hewan, serta sejumlah kemampuan khusus. Secara normal, youkai terkurung di dunia mereka sendiri, tetapi beberapa di antaranya berhasil masuk ke dunia manusia. Sebagai simbol perdamaian dan jembatan antara kedua dunia, sebuah kota dibangun di dalam pagar pelindung tujuh pohon ajaib, yang dikenal sebagai Tujuh Tiang. Kota Sakurashin ini menjadi tempat tinggal bagi manusia dan youkai, dengan perdamaian di antara mereka dijaga oleh Kantor Konseling Kehidupan Hizumi. Direktur kantor ini adalah Akina Hiizumi, seorang remaja yang mewarisi kemampuan keluarga untuk melakukan "penyesuaian," yang dapat mengembalikan youkai berbahaya ke dunia mereka secara permanen. Dia dibantu oleh sekelompok gadis, termasuk walikota youkai berusia 16 tahun kota tersebut, Hime Yarizakura, pengumum kota dan telepati lokal, Ao Nanami, serta Kotoha Isone, setengah youkai yang dapat memanggil objek hanya dengan menyebut namanya. Seiring dengan kedatangan penduduk baru dan peristiwa misterius yang mulai terjadi, kuartet pelindung ini dan teman-teman terdekat mereka harus terus menjaga kota Sakurashin dan mempertahankan keseimbangan damai yang rapuh antara manusia dan youkai.